平成18年10月から陸・海・空の運輸事業者に対し、輸送の安全確保に関する義務付けが強化され、当社も運輸安全マネジメントを構築しました。
同マネジメントにより安全統括管理者と運航管理者を選任し、安全管理規程を定めて運航基準、作業基準、事故処理基準及び荒天警戒配備基準等の基準に従って船舶の運航を行っています。通常、1社で1つの安全管理規程がありますが、当社では、運航形態の相違により4種類の安全管理規程があり、より高度な安全運航体制が求められています。

当社の安全管理にかかわる当社の全体的な意図及び方向性を明確に示すため安全・環境保護方針を設定し、具体的な施策を実施するために安全重点施策を作成して日夜安全運航に努めています。

これまで国の内外で発生した事故の教訓により社長を含む経営トップから現場まで一体となって安全に対する取組を行うように求められています。このため、当社では、毎月発生した安全運航に関する事象や実施した安全教育、訓練等について、安全運航担当役員から全役員に報告し情報の共有を図るようにしています。

海上輸送においては、深刻な人命及び環境汚染を伴った海難事故を契機として船舶安全管理システム（ISM）が設立されました。本システムは、外航就航船では強制、内航船では任意となっていますが、当社は、2002年2月フェリー業界では初めて本システムを導入し、船舶の運航だけでなく、乗組員の管理、船体・機関の整備についても品質の高い管理を行っています。

平成20年4月、独立行政法人 航海訓練所と安全に関する協定を締結しました。目的は、実習生を訓練する航海訓練所と旅客を輸送する当社がそれぞれの活動を通して蓄積した安全対策等の情報を交換し、また互いに安全運航に関する助言を行うことにより、海上安全への意識の高い組織風土の醸成に向けて協力し合うことです。
航海訓練所職員（海事有識者）による安全点検およびアドバイスを受け、常に安全運航を確保するための情報として活用しています。