船舶においては地球温暖化（CO2*1排出問題）、大気汚染（SOx*2排出問題）あるいは海洋汚染への影響を最重点事項と考え、次のことに取組んでいます。
- 地球温暖化および大気汚染への対応として、燃料の消費量を可能な限り削減させるための定時出港の厳守や最適航路の選択等
- 海洋汚染への対応として船上で使用される旅客用食器類洗浄用洗剤の無リン化
- 資源リサイクルへの対応として、旅客フェリーで発生する種々廃棄物についてゴミ分別を励行
炭素を含有した物質（石油、石炭、木材など）の燃焼、動植物の呼吸、微生物による有機物の分解、火山活動などによって発生する気体。二酸化炭素の増加が地球温暖化の最大の原因と考えられている。
*2：SOx（硫黄酸化物）
石油や石炭など硫黄分を含む化石燃料を燃焼することにより発生し、大気汚染や酸性雨などの原因の一つとされている有毒物質。
環境負荷の少ない事業運営をめざし、交通エコロジー・モビリティ財団が認証するグリーン経営認証登録を行っています。この認証は、グリーン経営推進マニュアルに基づき一定レベル以上の取組みを行っている事業者の申請により、審査の上、登録可能となる制度です。海上輸送はCO2の排出量が陸上トラックに比べ少なく、地球環境にやさしい輸送手段といわれていますが、さらなる環境負荷の低減を目指し、継続的な環境保全活動に努めています。
（旅客船事業）
（内航海運業）
本社内における環境保全運動としては、オフィス内で発生するゴミの分別励行、省エネタイプのOA機器使用、文房具のリサイクル商品利用推進およびオフィス内不要時の電源不使用に取組んでいます。
2005年7月、世界自然遺産に認定された知床の自然を守ることに貢献したいとの目的から、2005年11月1日より1年間、当社旅客フェリー“さんふらわあ”船内及び本社をはじめ全事業所を対象に｢さんふらわあ知床募金｣を実施し、2006年11月に財団法人知床財団へ寄付しました。
また、2007年4月より、同財団の賛助会員（法人特別年会員第一号）として環境保全活動をサポート、今後も継続的に支援いたします。
キャップ回収用ボックス
2009年8月より、本社内・フェリーターミナル・“さんふらわあ”船内に回収専用BOXを設置してペットボトルのキャップを回収する「さんふらわあ for チルドレン」を実施しています。
回収されたキャップはリサイクル業者に売却され、売却益が認定NPO法人「世界の子どもにワクチンを 日本委員会（JCV）」に寄附されるという仕組みです。この寄附金によって世界の多くの子どもたちの命を救うことができます。
2012年3月現在までに累計で161,200個（ワクチン201.5人分）を寄附にあてることができました。
